Led by 歐玠皜, we sequenced full-length rDNA and IGS regions of 41 Taiwanese shiitake strains by Nanopore and built an interactive online database integrating 317 IGS1 sequences from Taiwan, Japan, and China — upload your sequence and find out which cultivar you have. Published in the Journal of Basic Microbiology.
[香菇資料庫文章上線] 你每天吃的香菇(Lentinula edodes)你知道它們是誰嗎？香菇在亞洲的文化價值意義不用多說，基本上是台灣及鄰近國家飲食的重要元素。近年，幾個可能的因素，像是氣候變遷、菌種弱化，讓國內香菇栽培遇到瓶頸，產量銳減。幾個解決方案像是品種維持、育種等手段，離不開的基本盤就是如何正確的鑑定香菇品種。
這篇由歐玠皜主導的研究，收集了台灣 41 種香菇strains涵蓋了野生菌株、商業菌株，和幾個野生與商業菌株的混合品系。透過Nanopore做目標基因解序，解了這些菌株的兩段 (rDNA全長＋IGS)重要、具有好的解析力的基因片段來建立資料庫。強者他也做了一個互動式的線上資料庫 (https://github.com/Raingel/ShiitakeIGS1)，整合了來自台灣、日本和中國的 317 條 IGS1 序列。讓使用者可以上傳自己的 IGS1 序列，來鑑定自己手上的香菇最有可能是什麼品種。大家有興趣可以參考：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jobm.202400452